Desde sua fundação, o PT vem protagonizando as transformações sociais e políticas mais importantes na vida do país, incomodando os setores mais conservadores da nossa sociedade, como mostra o atual cenário de disputas políticas, que tentam incriminar o maior partido de esquerda do país.

Neste cenário, a história política de João Paulo e a construção do Partido dos Trabalhadores estão intrinsecamente ligadas, pois são frutos do engajamento nas lutas populares, nos movimentos sociais e sindicais, para a construção de um Brasil mais justo e democrático.

Sendo um dos fundadores do PT na cidade de Osasco, em 1981, João Paulo Cunha integra o primeiro grupo de parlamentares eleito pelo Partido dos Trabalhadores. Na medida em que se destacava na construção e organização do partido, na época apenas uma promessa num cenário político nacional marcado por uma hegemonia conservadora, sua liderança começava a extrapolar os limites locais.

Em 1989 foi um dos organizadores da primeira Secretaria Nacional de Assuntos Institucionais do Partido, criada para dar assessoria aos prefeitos e parlamentares petistas.

Como reconhecimento de sua atuação partidária, foi eleito Presidente do PT no Estado de São Paulo, contribuindo para consolidar o partido na maioria dos municípios paulistas, entre 1995 e 1997.

Em 1996, disputou a prefeitura de Osasco, dando um importante passo para consolidar ainda mais sua liderança na cidade e na região.

Dois anos depois foi eleito para seu segundo mandato de deputado federal.

Membro do Diretório Nacional do PT, em 2000 coordena o Grupo de Trabalho Eleitoral Nacional, ajudando o PT a obter seu melhor desempenho, até aquele momento, em eleições municipais.

Em 2002 passa a ocupar, com o apoio e reconhecimento de toda a bancada petista, a liderança do partido na Câmara dos Deputados.

Destacando-se na organização da vitoriosa campanha de Lula para a presidência, João Paulo consolida sua liderança na condução dos diálogos e encaminhamentos que marcaram a transição de poder no país e que contribuíram para o desenvolvimento social e crescimento econômico nunca visto na história deste país.